
Йель был основан до "Войны за независимость", в 1701 году.
Истоки основания Йеля восходят к 1640 году, к деятельности священников-колонистов, направленной на создание в Нью-Хейвене университета. Идеи, которые легли в основу его образования восходят к традициям и принципам обучения в средневековых Европейских университетах, а также древних академиях Греции и Рима, где впервые был заложен принцип либерального образования (от лат. liber — свободный гражданин). Такое образование было направлено на интенсивное развитие общей интеллектуальной компетентности, добродетели и достоинств характера учащегося. Во времена Римской империи этот принцип воплощался в жизнь посредством обучению в семи областях т. н. «свободных искусств»: грамматике, риторике, логике, арифметике, астрономии, геометрии и музыке.
Пуританские священники (основатели университета) руководствовались принципом т. н. коллегиальности, сыгравшим впоследствии важную роль в развитии высшего образования в США. В то время как в большей части Европы и Шотландии колледжи не предусматривали проживания студентов на их территории, основатели университета хотели создать колледж-общежитие, где студенты могли бы учиться друг у друга, проживая вместе на территории университета. Такие идеи отражали английские идеалы того времени, воплощённые колледжами Оксфорда и Кембриджа, где студенты учились, жили и посещали церковь в обществе своих наставников. При такой системе образование становилось не просто тренировкой разума и подготовкой к определённой профессии, но и опытом, направленным на развитие различных аспектов характера учащегося, в том числе моральной добродетели.
В то время как похожие идеалы были использованы и основателями Гарварда. Однако некоторые из преподавателей гарвардского университета вскоре стали сомневаться в успешности университета. По словам преподобного Соломона Стоддарда, произнесённым им во время одной из воскресных служб в 1703 году, Гарвард стал местом «Вражды и Гордыни. Не стоит посещать колледж ради того, чтобы научиться делать комплименты мужчинам и ухаживать за женщинами». В 1700 году десять священников собрались в Брэнфорде, штате Коннектикут, чтобы обсудить создание нового колледжа, который будет способен избежать ошибок, допущенных Гарвардом. Большинство из них были выпускниками Гарвардского колледжа, разочаровавшимися в образовании, полученном в Гарварде. В 1701 году, получив хартию от колониальной Генеральной Ассамблеи (выданную с целью обучать поколения «образцовых мужей»), они официально начали работу над созданием Коллегиальной Школы, как тогда был назван Йельский университет.