Помимо того, что Гарвард выполняет образовательные функции, он является одним из ведущих научно-исследовательских центров страны. Исследования в университете проводятся как в рамках различных кафедр факультета искусств и наук и школ университета, так и в специальных многочисленных исследовательских институтах и центрах. Одно перечисление их заняло бы несколько страниц. Скажем лишь, что каждая школа имеет от нескольких до нескольких десятков институтов и центров, имеющих, как правило, высокую международную репутацию. Это и естественнонаучные центры, и центры в области медицины, гуманитарных и социальных наук. Есть в Гарварде и известнейший в США Центр российских и евразийских исследований им. Дэвиса.
Федеральное правительство является одним из главных источников финансирования научных исследований. В 2006 фин. г. его расходы на эти цели составили 513,7 млн. долл. При этом почти 79% этой суммы поступило из Министерства здравоохранения и социальных услуг. Среди других крупных федеральных источников финансирования следует назвать Национальный научный фонд (7,4%), Министерство обороны (4,5%), Министерство энергетики (2,3%) и НАСА (1,8%).
Не федеральные источники финансирования научных исследований в 2006 фин. г. составили 110,3 млн. долл. Главную роль среди них играли бесприбыльные фонды (74 млн. долл.) и частные корпорации (9,1 млрд. долл.). Среди прочих спонсоров исследований следует назвать госпитали и другие университеты, исследовательские институты, правительства отдельных штатов, местных органов власти и даже иностранных государств.